Un organe délibérant, le Comité Syndical (99 membres), qui comprend les délégués représentants les collectivités membres. Sa composition est définie par les statuts. Il se réunit 3 à 4 fois par an pour traiter des choix stratégiques : gestion du Schéma Directeur, élaboration du SCOT, positionnements sur des dossiers importants, finances,…et faire le bilan des activités.
Un Bureau (31 membres), qui dispose de délégations pour gérer les affaires courantes, et dont les membres sont élus au sein du Comité Syndical. Il se compose du Président du syndicat, des vice-présidents et de membres. Sa composition est définie par les statuts.
Le Président du Syndicat est Philippe DURON, Député-Maire de Caen, Président de l’agglomération Caen-la-mer. Il est assisté par 5 vice-présidents, qui chacun représente une composante de Caen-Métropole : au titre de la ville centre : Corinne FERET, maire adjointe de Caen ; au titre de la Communauté d’Agglomération Caen la mer : Colin SUEUR, maire de Colombelles ; au titre des Communauté de Communes : Michel MARIE, maire de Verson, vice-président de la Communauté de Communes « Les Rives de l’Odon » ; au titre des communes hors communautés : André LEDRAN, maire de Ouistreham. au titre du Pays : Dominique LEFRANCOIS, maire de Troarn, présidente de la Communauté de Communes « Entre Bois et Marais »
Les Commissions sont permanentes, notamment pour ce qui concerne les activités statutaires du syndicat mais des sous-commissions ou des groupes de travail ponctuels peuvent également être mis en place pour traiter de dossiers importants ou spécifiques
Un organe délibérant, le 
au titre de la ville centre : Corinne FERET, maire adjointe de Caen ;
au titre de la Communauté d’Agglomération Caen la mer : Colin SUEUR, maire de Colombelles ;